宝珠寺の始まりは不明だが１６７６年から記述があるので、延宝年間〈１６７０年代〉には存在したと思われる。しかし、その当時は荒れており整備が必要であった。そんな時、宝珠寺の再興に努めた人達がいた。
＜初代 無外一有＞
江戸時代の元禄年間〈1688～1704〉に同じ釜戸の天猷寺の住職である大雲慈徳和尚が釜戸・町屋の藤田家出身の無外一有首座に命じて当山再興にかかる。
無外一有首座は自分の甥にあたる庄屋の三宅嘉助と協力して田地等買添え基礎を定め、見事宝珠寺を再興したが、享保９年(1724)２月２８日７２歳で亡くなる。
この事から、宝珠寺では再興を指示した天猷寺の大雲慈徳和尚を開山、実際に再興を主導した無外一有首座を開基、無外一有首座に協力した三宅嘉助を準開基としている。
※三宅嘉助について
この後嘉助は養父の名をもらい五郎右ェ門と名を改める。
明和７年(1770)６月１６日９２歳で亡くなる。戒名は月法了圓居士
＜２代 一関禅超＞
釜戸・下切出身。詳しくは子安観音の由来に準ずる。
享保１６年(1731)１０月２９日に亡くなる。
＜３代 譚叟祖北＞
住職在位１１年。宝暦６年（1756）に宝珠寺の現在の本尊である聖観音菩薩を入仏。同８年(1758)5月29日に亡くなる。
＜４代 天瑞祖満＞
住職在位５年。宝暦１３年(1763)7月11日に亡くなる。
＜５代 白翁祖蓮＞
住職在位３３年。寛政７年(1795)8月２日に亡くなる。
＜６代 円翁祖覚＞
生縁不詳。卓洲の禅の修行に専心し、禅画・十六羅漢の筆跡を残す。
仏法に精通し播州(兵庫県)明石慈泉寺・上野崇雲や宝珠寺７代宗茂(後の宜頓)など弟子数人を育て、文化８年(1811)に当山の厨裡を改築する。
文政9年(1826)、名古屋大須總見寺の※①漁巣老師(卓洲胡僊禅師)を請し盛大に法会を催す。この会中毎日のように高名な宿老（僧侶）が来山され、広間4本戸松の墨絵は※②横浜永田宝林寺の師家・妙喜和尚の筆とされる。
宜頓に座を譲り、北東隅池の上に隠居し１０数年、天保１４年(1843)正月１０日遷化。
当山再中興と崇む。
※①漁巣老師（卓洲胡僊禅師）
白隠禅師から継がれる白隠禅を師匠である横浜・宝林寺峨山禅師から受け継ぎ、後に卓洲派と呼ばれる禅風を開いた。諡号は大道円鑑禅師。
※②横浜永田宝林寺
漁巣老師の修行寺、僧堂があった。江戸時代に学僧の修行の場となっていた。
＜７代 円道宜頓＞
宝珠寺６代円翁祖覚の弟子。弘化２年(1845)７月２１日亡くなる。
住職在位１０数年。
＜８代 大道祖円＞
弘化３年(1846)、師である※①天猷寺敬雲和尚の厳命に依り住持。
生縁は三河地方。敬雲和尚を頼り三河より釜戸に文化・文政年間に来たとされる。
釜戸・中切保母家に養子として入り敬雲和尚につき修行。
弟子入りして敬雲和尚について従うことを決心する。
大事了畢…仏法の究極を明らめ、修行を成就すると文書に記述有り。
嘉永2年(1849)観音堂及び龍堂を再建、安政5年(1858)に弟子の祖恩に譲り
光春院に隠居する。
俳句や歌を楽しみ、時の人からは今一休と呼ばれる。
「無により無に入る 有により有による」
「年の暮 誰か死なんか おれはいや」
「つぼとりの尻の割れ目は丸の字」
などの俳句や歌を残し、俳号を売仏と称する。
明治9年(1876)正月28日亡くなる。光春院に葬られる。
※①天猷寺敬雲和尚
敬雲宗慈。天猷寺１０代住職。文化１３年(1813)～嘉永6年(1853)に住持。
釜戸中切安藤家出身。
虎渓山永保寺で修行し、後に請われて故郷釜戸の天猷寺の住職となる。
天保１２年(1841)～嘉永６年までの１２年間虎渓僧堂師家。
弘化４年(1847) 妙心寺住持職となり、紫衣を賜る。
＜９代 澤雲祖恩＞
安政５年(1858)から住持。飲酒病で苦病したが、法儀を備え大きな業績を残された。
明治２９年(1896) 安江幸右ｴ門・水野善九郎他十数名と協力して本堂再建する。
また法地就班を行い現在の妙心寺を本山とする体系を作る。
明治３３年(1900)７１歳にて亡くなる。
＜１０代 実應恵参＞
可児・東禅寺徒弟。
明治３２年(1899)に住持。
明治３５年４月 子安観音の開扉を兼ね、虎渓山より老師を招き提唱・授戒会を行う。
明治４０年、八百津・伊岐津志・明鏡寺に転住。
１１代和尚が入寺するまで天猷寺朴雲和尚弟子大光首座が看護。
明治４２年 檀徒有志が土蔵を改築。
明治４５年(1914) 大光和尚天猷寺に住山により朴雲和尚が宝珠寺に隠居。
それにより朴雲和尚が住持。
＜１１代 朴雲祖瑞＞
天猷寺１３代住職(明治２４年～４５年)
天猷寺住職である間日清日露戦争に従軍し手柄を立てる。
大勢の弟子を育て、当山１２代円應宗哲・天猷寺１４代大光和尚・光春院雲耕和尚・三河長照寺貫道和尚などがいる。または明治時代の廃仏毀釈で荒れた加茂郡切井龍気寺を自分の弟子である仁応和尚を助け、お寺を再興した。
さらに、地元の人達と協力して龍吟の滝の開発を進め、観光地として整備した。
宝珠寺に於いては３０年余り住職を務め、お寺の記録や整備に力を注いだ。
大正４年、高野山奥之院に請願して厄除弘法大師のご分身を戴き拝載入仏(胎内佛)する。奥之院御宝前には常夜灯一対を献じ信者の健康御守護を祈る。
昭和２０年９月２５日、遷化され当山に葬る。
＜１２代 円應宗哲＞
昭和１３年４月 龍気寺を隠居し宝珠寺に入山。
昭和１４年 宝珠寺にて副住晋山し翌年９月正住に。
昭和１６年 太平洋戦争が開戦し物資不足のため山内の金属は供出される
昭和１８年１月３０日 大鐘・半鐘も供出
昭和３１年４月２７日 遷化され、天猷寺大光和尚２年間兼務す。
＜１３代 桂雲弘道＞
昭和３３年 晋山住職
３６年 位牌堂(縦４間横２．５間)増築
４７年 観音堂移転整備
同 ７月２日 鐘楼堂新築、落慶法要は盛大に行う。
また、同時期に駐車場の設置・前畑を整備し遊園地として兼用。
釜戸小学校荻ノ島分校(復礼館)の教員を務め、沢山の子供たちを教え慕われる。
退職後４区の子供たちにお経や習字を教える。
平成元年正月２０日に亡くなる。
＜１４代 大峰典久＞
昭和５２年１１月 晋山住職
平成６年～１５年 位牌堂・本堂・観音堂・鐘楼堂・庫裡等屋根替え
平成１０年 駐車場造成石積、トイレ修復
平成２２年３月 荻ノ島分校解体
同 ５月 分校後石積
平成２５年１１月 本堂等耐震工事
＜１５代 徹玄照倫＞
平成２７年１１月３日 晋山住職